巴图尔浑台吉在天山惨败后带着准噶尔骑兵仓皇逃跑，他在在逃回别失八里后顿时是火冒三丈，他的准噶尔部在这场战役里面可以说是一败涂地，尧勒巴斯汗带来的白山派叶尔羌军队是全军覆没，而巴图尔浑台吉带来的精锐骑兵被打得丢盔弃甲，之后刘钰率领明军追到别失八里缴获了大量物资，而且对于巴图尔浑台吉来说更大的损失是自己的威望遭到严重打击。
卫拉特各部见巴图尔浑台吉连刘钰的明军偏师都打不过，他们就有可能直接脱离准噶尔部控制，这对于不能直接控制汗国的巴图尔浑台吉来说是致命的问题，于是巴图尔浑台吉就决定重新集结军队继续去跟在西域驻军的明军刘钰部展开作战，为此巴图尔浑台吉决定要集结主力军队跟明军去决战，他发誓要击败刘钰找回属于准噶尔部的荣誉。
于是这次巴图尔浑台吉就地在别失八里集结了他旗下的准噶尔部乃至其他卫拉特蒙古各部军队，这次决定重拳出击的他集结了从哈萨克到喀尔喀的大量军队，其他的卫拉特蒙古和玉兹各部全都迫于准噶尔部的武力而出兵跟随准噶尔部出兵，巴图尔浑台吉打算直接梭哈准噶尔部主力大军把明军赶出南疆以此来确立自己的威信，他希望通过战争胜利来迫使明军跟自己议和。
而西域提督刘钰率领明军在天山击败准噶尔军队后，他也发现自己目前的情况其实也不容乐观，由于他此前抽调自己旗下的总兵李成栋，杨承祖，刘文秀等部主力去天山跟准噶尔部的主力军厮杀，这导致明军在占领区的守备力量很空虚，于是很快高昌和敦煌等地的回教徒和畏兀尔人趁机去作乱，这些城市都是明军刚刚占领的地区因此缺乏根基。
刘钰自然完全无法容忍这种后方失火的情况，于是他立刻调李成栋和杨承祖率领明军前去镇压，面对当前这种遍地狼烟和内部不稳的情况，刘钰意识到自己之前的政策过于急躁才造成了这种后果，因此刘钰下令治下的回教徒可以保留信仰，但是不许对外传遍，对于改信的回教徒给予优厚的待遇，同时他还下令去给塔兰奇农奴平分的土地，以此来分化西域回教徒的内部势力。
刘钰转变思路后的软硬兼施的手段下，各地的回教动乱也就逐渐被平息，然而很快巴图尔浑台吉就率领准噶尔大军大举南下，刘钰只能再次集结各路明军展开抵抗，这次双方就在吐鲁番城外交战，此时明军连续作战已经是人困马乏，而准噶尔军队同样装备了大量火绳枪，这次巴图尔浑台吉甚至还梭哈重金打造的新式火炮，因此最终刘钰不得不率领明军退入吐鲁番进行防御。
与此同时叶尔羌汗国在明军被准噶尔军队压制的时候也死灰复燃，阿布都拉哈汗见明军没有去打库车就跑到库车集结叶尔羌军队，很快他就再次集结起规模不小的叶尔羌军队，由于尧勒巴斯汗此前在天山被明军总兵李成栋所击杀，于是阿布都拉哈汗就再次成为汗国唯一领袖，而甚至白山派余党都不得不过来投奔他，阿布都拉哈汗在库车集结军队后跟巴图尔浑台吉遥相呼应，但是也知道自己军队实际成色的阿布都拉哈汗选择按兵不动。
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