最后朱载坖和在和法司臣子们商量之后，决定以不义罪将一干人犯斩首弃市，籍没家产。对于朱载坖的严厉处罚，群臣们一点都不感到意外，吏员改革是朱载坖现在最关心的事情，谁敢阻碍，朱载坖是肯定要收拾他们的。
在朱载坖惩治了闹事的吏员之后，吏员改革就相对比较轻松了。
但是刚刚消停了没几天，都察院、户部、工部都互相争执起来来，原因是因为国子监的算学生员分配的问题，因为国子监的算学生员是三年学成，所以今年是第一科学成的生员毕业的时候，按照之前朱载坖的诏书，国子监的算学生员，直接进入六部和各衙门担任流外一等上的吏员。
这点没什么问题，但是关键是应该怎么分配的问题，因为第一科的算学生员比较少，仅有不到八十人，肯定是不够京师衙门分配的。
户部尚书马森认为，户部司掌财计，下设衙门又多，户部本衙掌全国疆土、田地 、户籍、赋税、俸饷及一切财政事宜。其内部办理政务按地区分工而设司。各司除掌核本省钱粮外，亦兼管其他衙门的部分庶务，职责多有交叉。户部本衙下设有浙江、湖广、江西、陕西、广东、山东、福建、河南、山西、四川、广西、贵州、云南十三司清吏司，此外尚有照磨所、广积库、内、外承运库、军储仓等职司，因此又分为民、度、金、仓四科。
除了户部本衙之外，户部现在还设有提督海关、提督钞关、提督盐政、总督仓场四大直属衙门，还有派驻九边三大防区和各镇的管粮郎中、主事，运河上的户部分司等派出衙门，现在户部需要大量精通算学的吏员到户部任职去。所以马森认为，这些算学生员应该全给户部，其他衙门都得往后稍稍。
对此，都察院、工部表示马司农你在想屁吃，左都御史葛守礼认为，都察院肩负着监察天下不法的重任，而查缉奸佞，打击贪墨，需要大量精通算学的吏员帮助都察院的御史们查账，才能将这些贪官污吏给揪出来，所以应该紧着都察院分配。
工部尚书朱衡认为，工部司掌整个大明的工程营建，河道边墙的修整，各种工程的预算，也需要相当数量的精通算术的吏员，但是眼下就这么多人，怎么分配？三位部堂大员都坐在吏部尚书杨博这里，要求杨博解决此事。
杨博也是被他们搞的无话可说了，直接带着他们求见朱载坖，请朱载坖圣裁此事。
朱载坖听了他们的话，也感到有些棘手，大明现在缺乏各种粗通文墨又精通各种技术的人才，朱载坖思虑再三，觉得还是要先紧着户部，这一科国子监算学的生员，大部分都分配给了户部，剩余的则是分配给了工部和都察院，同时朱载坖认为，在新考选的吏员中，选择有算学基础的吏员，送国子监算学科去读书，不用三年，只短期培训一年，学成之后，一样授予流外一等上的都吏，这样也可以稍微缓解各部专业人才的缺少。
除了精通算学的人才之外，工部还缺少精于水利、工程营建方面的吏员，朱载坖认为，这些专业技术人员，可以不拘泥于资格，只要能够粗通文墨，经过考核之后，由各部堂官直接上奏朱载坖，批准选取这些人为吏员，由于这些人是由堂官直接向朱载坖陈奏录取的，就被称为特奏名吏员。
朱载坖下令各部院衙门，清理现在急需的技术人才，由朱载坖批准之后，不经考选，不拘资格，只要有一技之长，皆可以被选取。
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