崇祯十三年三月，清军围攻锦州，辽东总兵刘肇基奉命与宁远总兵吴三桂前往支援，吴三桂被困，刘肇基以损失一千人的代价将其救出。
七月，刘肇基率部与曹变蛟等人，破清军于黄土台及松山、杏山。
九月，复战杏山，刘肇基兵少退却。洪承畴甄别诸将，解刘肇基职，让王廷臣代替他的职务。
之后的两年，刘肇基闲置在家，然后被晋升为都督同知，提督南京大教场这个闲职。
从闲置到闲职，沙场骁将刘肇基当然郁闷，非是他不想练兵，而是留都京营一片稀烂，军将们一味吃空饷，卫所兵不能糊口去打长工短工，他连士兵都召集不起来。
“臣刘肇基叩见监国殿下！”
“刘将军请起。”
林火根说完，起身来到刘肇基面前，端详他粗犷硬挺的容貌，想起他有些悲壮的结局，多少有些唏嘘感慨。
前一世弘光政权建立后，史可法被排挤出京，督师淮扬，刘肇基自请从征效力。史可法令其率兵驻扎宿迁，防守淮河一线。
第二年，清军包围扬州，史可法命附近驻军增援，只有刘肇基一支孤军赶到。
刘肇基勘察地形后认为，扬州城地形较低，城外能俯瞰城内，应该将城池附近的树木砍掉，否则于己不利。
史可法的答复是：那是人家的祖坟，不忍心砍伐。
守城力量不足，刘肇基建议：借助地势条件，引淮河水淹清军大本营。
史可法断然拒绝，言道：用水攻，城中的百姓也会淹死，此计万万不可。
其实刘肇基的建议都是十分正确的，奈何史可法迂腐不知兵。之后，清军的红衣大炮运到了，炮声轰鸣，城墙坍塌，扬州陷落。
城破之后，刘肇基率部与清兵死战，格杀数百人，最后寡不敌众，全军覆没，刘肇基战死。
史可法被俘遇难。
清乾隆年间重修史书，嘉奖明末殉难武将，因刘肇基忠于明朝，特赐谥号‘忠烈’。
清军南下后，那些卖国求荣的南明军官将领排着队、争先恐后向清军投降，相比于他们的卑劣无耻，刘肇基爱国爱民、死的慷慨壮烈。
“如非洪承畴错误地将将军解职，将军估计早已战死沙场，孤此时手里少一大将矣！”林火根十分诚恳道。
刘肇基听监国殿下如此抬举，且感情真挚，不由地一阵感动，他抿着嘴拱手道，“殿下过誉了。”
林火根赐座，然后问道，“孤准备让将军整顿南京京营，如何？”
刘肇基听了，沉吟道，“殿下整军是为了抵御清军南下吗？”
林火根点头，刘肇基直言道，“殿下，与其整顿京营，莫不如在民间重新招纳敦实朴质之农夫，三个月便可成兵。”
见到监国疑问眼神，刘肇基补充道，“江南百年未闻战事，南京京营已经彻底烂透了，那些人名为军兵，实则都是小商贩、地痞，油滑不能用。”
林火根让刘肇基细讲，刘肇基便将知道的详情道出。
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